ncbi查找人员基因_怎么在ncbi搜索基因组

文章导读:

• 1、怎样在genbank基因库中找出我需要的基因序列啊？
• 2、如何使用NCBI查找基因
• 3、怎样在NCBI中查找基因
• 4、怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列

怎样在genbank基因库中找出我需要的基因序列啊？

在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了 ，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭。 2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会： 最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；

如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；

搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：

Accession prefix Molecule type Comment

AC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assembly NC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assembly NG_ Genomic Incomplete genomic region

NT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSa NW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSa NS_ Genomic Environmental sequence NZ_b Genomic Unfinished WGS NM_ mRNA NR_ RNA

XM_c mRNA Predicted model XR_c RNA Predicted model

AP_ Protein Annotated on AC_ alternate assembly NP_ Protein YP_c Protein

XP_c Protein Predicted model

ZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic records a Whole Genome Shotgun sequence data. b An ordered collection of WGS for a genome. c Computed.

其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子

如何使用NCBI查找基因

1 打开NCBI主页

2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称

3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。

4 再出现的页面中找到那个像数轴的图，在左侧有可以点击的蓝色数字，往往开头有AK、NM的开头，点击它，再出现的下拉框里选择GENEBANK。

5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。

怎样在NCBI中查找基因

在NCBI 上查找基因，挺多人都在问这个。当然，对于经常泡NCBI 的人来说，查找基因是

入门的、基础的，对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。

当然了，直到现在，虽说已经会了一些，但在NCBI 查找基因，虽说是基础但也是挺复杂的

今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase，PAL)”来作为例子，物种是豆科的。

1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，

点击GO，搜索

2，我们来看结果，总共有1022 个，结果太多了，有时候刚好你要的结果在第一页的话，

那就好办。不是的话，你慢慢的找，实在不是办法。特别是网络不好时，上NCBI 又很慢，

的确是一种折磨。

3，这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）

来作例子。在搜索时加上soybean，结果将会大大减少。

4，这时候结果已经一目了然，这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确

的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID，再回到Nucleotide 数据库，

搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “，txid 是taxonomy ID 是缩写，3847 是大豆

soybean 的taxonomy ID。这样子，将搜索范围锁定在大豆。

5，看下图，出来的结果都是大豆的，这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列

6，进入序列页面，默认是GenBank 格式，你也可以选择Fasta 格式，一般都是保存为Fasta格式。

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列

在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框，点击下拉三角形选择nucleotide（如图红框）在search栏输入基因名搜索即可。

以人的orc1基因为例，

在搜索结果中选择mRNA和complete cds序列的结果都可以，如下

点击进入序列文件查看详情，以上图搜索结果18为例，点开后界面如下

向下找到cds标签

点击CDS跳出如下界面

棕色标记的序列就是cDNA序列，旁边有对应的氨基酸序列。

如果搜索结果太多，可以在检索结果中按物种筛选，如下图红框。

以上即是基本步骤。